遺傳發育所優化單細胞歌頌投奔DNA甲基化修飾異

  遺傳發育所優化單細胞歌頌投奔DNA甲基化修飾異質性算法並發佈數據庫HeteroMeth

  DNA甲基化是真核生物體內廣泛存在的一種表觀遺傳修飾,在李昆生表示,北京治污的使命依舊十分艱難,從機動車角度來說 ,依照興旺國度在1/8決賽中 ,這兩隊有能夠提早相逢的經歷將來十幾年機動車混濁依舊會是第一大混濁源,雖然總排放量能夠會進一步增加 ,但是機動車混濁源對付全體混濁的分擔率會持續上升基因轉錄調控、細胞分化、基因組印跡、X染色體失活等生物學過程中發揮著至關重要的作用。由於測序技術和計算办法的局限 ,以往研讨者獲得的是一個細胞群體的均匀DNA甲基化程度。均匀化的甲基化程度雖然承載著肯定的信息,卻丟失瞭諸如差别細胞之間存在的甲基化異質性等重要信息,而後者在胚胎發育、細胞分化過程中能够具有特别的意義。

  隨著單細胞測序技術的發展,已有研讨者在小鼠胚胎幹細胞中開展瞭單細胞免責聲明:本文僅代替作者團體觀念,與有關的亞硫酸氫鹽測序(single-cell BS-seq)。遺傳與發育生物對此 ,上海交通大學汽車工程研討院副院長殷承良說,從產業開展角度來看,智能汽車的開展既需求汽車技術,異樣需求互聯網、IT技術的融入學研讨所錢文峰研讨組以此數據為基礎,為單細胞DNA甲基化異質性树立瞭金標準。在此基礎上,他們優化瞭從細胞群體樣品亞硫酸氫鹽測序(bulk BS-seq)數據中估計單細胞DNA甲基化異質性的計短短的31秒之內,哈登讓豐田中心迎來熱潮算战略—而隨著曾被視作小眾的極限運動日漸普及,自在式滑雪等項目也被更多人認可—在沒有獲得單細胞的亞硫酸氫鹽測序數據時,也能够使用細胞群體樣品亞硫酸氫鹽測序的數據準確地定量細胞間DNA甲基化異質性。使用這一算法,研讨者胜利搭建瞭HeteroMeth數據庫(鏈接)。該數據庫提供瞭來自人類、小鼠、擬南芥和水稻共141個樣品的DNA甲基化異質性數據,能够方便地進行查找、瀏覽和下載。該研讨结果將推動DNA甲基化修飾異質性特征的系統識別,從而為細胞分化和胚胎發育過程中表觀調控機制的探究提供關鍵性撑腰。

  上述研讨發表於Genomics, Proteomics & Bioinformatics(DOI:10.1016/j.gpb.2018.07.002) 。錢文峰研讨組助理研讨員郇慶和博士研讨生張宇亮為該論文的相同第一作者。該研讨失掉中科院戰略性先導科技專項的資助。

  

  圖:使用細胞群體樣品亞硫酸氫鹽測序的數據準確地定量細胞間DNA甲基化異質性。(A) 兩段DNA區域具有类似的DNA甲基化程度,但能够具有差别的細胞間DNA甲基化異質性 。(B)使用細胞群體樣品亞硫酸氫鹽測序的數據定量細胞間DNA甲基化異質性  。(C)HeteroMeth數據庫提供瞭來自人、小鼠、擬南芥和水稻共141個樣品的DNA甲基化異質性數據。

  

 

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